Pimpinan Pondok Modern Darussalam Gontor merupakan semacam badan eksekutif (setelah wafatnya para pendiri Pondok) yang dipilih oleh Badan Wakaf setiap 5 tahun sekali. Dengan demikian Pimpinan Pondok adalah mandataris Badan Wakaf yang mendapatkan amanah untuk menjalankan keputusan-keputusan Badan Wakaf dan bertanggungjawab kepada Badan Wakaf Pondok Modern Darussalam Gontor. Pimpinan Pondok Modern Darussalam Gontor, di samping memimpin lembaga-lembaga dan bagian-bagian di Balai Pendidikan Pondok Modern Darussalam Gontor, juga berkewajiban mengasuh para santri sesuai dengan sunnah Balai Pendidikan Pondok Modern Darussalam Gontor. Adapun lembaga-lembaga dan atau bagian-bagian yang dibawahi Pimpinan Pondok Modern Darussalam Gontor adalah sebagai berikut:
1. Lembaga perguruan menengah dengan masa belajar 6 atau 4 tahun, setingkat Tsanawiyah dan Aliyah, bernama Kulliyatul Mu’allimin al-Islamiyah (KMI)
2. Lembaga perguruan tinggi yang disebut Universitas Darussalam (UNIDA), mempunyai tujuh fakultas: Fakultas Ushuluddin Jurusan: Perbandingan Agama, Akidah dan Filsafat Islam, Ilmu al-Quran dan Tafsir. Fakultas Tarbiyah Jurusan: Pendidikan Agama Islam, Pendidikan Bahasa Arab. Fakultas Syariah Jurusan: Perbandingan Madzhab dan Hukum, Hukum Ekonomi Islam. Fakultas Ekonomi dan Manajemen Jurusan: Ekonomi Islam, Manajemen Bisnis. Fakultas Humaniora Jurusan: Hubungan Internasional, Ilmu Komunikasi. Fakultas Ilmu Kesehatan Jurusan: Farmasi, Ilmu Gizi, Keselamatan dan Kesehatan Kerja. Fakultas Sains dan Teknologi Jurusan: Teknik Informatika, Agroteknologi, Teknologi Industri Pertanian dan Program Pascasarjana
3. Lembaga Pengasuhan Santri yang mengurusi bidang pengasuhan santri khususnya bidang ekstra kurikuler. Lembaga ini membawahi tiga organisasi santri:
a. Organisasi Pelajar Pondok Modern (OPPM), yaitu organisasi siswa KMI
b. Koordinator Gugusdepan Pondok Modern Darussalam Gontor, yakni organisasi kepramukaan siswa KMI.
c. Dewan Mahasiswa (DEMA), yaitu organisasi untuk mahasiswa ISID.
4. Lembaga yang bergerak dalam bidang penggalian dana, pemeliharaan, perluasan, dan pengembangan aset-aset Pondok yang disebut Yayasan Pemeliharaan dan Perluasan Wakaf Pondok Modern (YPPWPM).
5. Lembaga wadah pemersatu para alumni Gontor yang disebut Ikatan Keluarga Pondok Modern (IKPM).
Di samping kelima lembaga di atas, ada bagian-bagian tertentu yang dibentuk untuk memperlancar proses pendidikan dan pengajaran di Pondok. Bagian-bagian tersebut adalah:
1. Bagian pembinaan masyarakat yang disebut Pusat Latihan Manajemen dan Pengembangan Masyarakat (PLMPM).
2. Bagian yang menangani pergedungan yang disebut Bagian Pembangunan Pondok Modern Darussalam Gontor.
3. Bagian yang menangani unit-unit usaha milik Pondok yang disebut Koperasi Pondok Pesantren (Kopontren) La Tansa.
4. Bagian yang bergerak di bidang pelayanan kesehatan santri dan masyarakat yaitu Balai Kesehatan Santri dan Masyarakat (BKSM).
Sumber: https://www.gontor.ac.id/
